众所周知，秦在秦始皇以前利用商鞅进行变法，给秦的发展注入了强劲的活力，也就是说，秦乃是以法家思想变革社会，迅速强大起来的；秦始皇时，秦朝又“焚书坑儒”，在历史上影响很深。于是，这很容易给人造成这样的印象：儒家学派和儒家思想在秦朝没有活动的市场，其地位极端低下。其实，情况并非如此。
秦朝时期，儒家思想一如战国时期那样地影响着社会。
秦朝以前，儒家学说由于自身的特点无力应付剧烈变化的复杂社会局面，而法家在数百年的大变乱、大动荡中倒显示了积极进取的思想活力，但是，作为儒家代表人物的孔子，其影响却越来越大。孔子生前虽曾遭到讥讽和围攻，却更多地受到人们的称赞和尊重。战国时期，他的影响继续扩大，在孟、荀等人的宣扬下，不仅儒学成为“显学”，而且孔子也成了“圣人”。孟子说：“自生民以来，未有盛于孔子也。”又说：“孔子，圣之时者也，孔子之谓集大成。”儒家后学十分推崇孔子，其他各派也给孔子不少肯定，如属于道家的《列子》在《力命》篇中说：“仲尼之望，不出诸侯之下。”属于法家的《韩非子》在《内储说下》篇中称：“仲尼为政于鲁，道不拾遗。”孔子受到人们的普遍尊重，乃是在社会活动中自然形成的结果。
秦统一后，到底用什么思想对国家进行统治，却带有一定的盲目性。在这历史的大转折时期，秦的统治者也试图建构起与统一大帝国相适应的思想体系。然而，为了稳定形势，使国家机器运转，秦始皇将主要的精力投注到了官僚机构的建设上面，在利用法家学说建立专制统治的时候，在统治思想中也吸收了儒、墨、阴阳诸家的思想因素。当然，这并不是说他已有了固定的统治思想体系。事实上，很难说秦统治者已经认真思考过这一重大问题，因而秦的前期，在施政定制上仍然基本以法家思想为依据，也兼采了阴阳家等的思想。秦设博士官，包括儒家在内的诸子百家均可立为博士，这表明秦始皇虽然不一定重视儒家学说，但至少开始时并不排斥儒家。所以秦始皇说自己“悉召文学方术士甚众”，并“置酒咸阳宫，博士七十人前为寿”。这些“文学方术士”和“博士”中，有不少就是儒生。终秦之世，儒生在历史舞台上的活动史不绝书。如始皇二十八年“与鲁诸儒生议刻石颂秦德，议封禅望祭山川之事”；公子扶苏称“诸生皆诵法孔子”；秦二世“召博士、诸儒生问”，博士诸儒生30余人引《春秋公羊》之义以对；叔孙通降汉，“从者儒生弟子百余人”。
秦始皇的“焚书坑儒”也不意味着儒学的被消灭。正因为儒学之盛影响到了秦的政治，才使得它遭到了这一厄运。同时，秦朝的“焚书”和“坑儒”，其直接目的是限制儒生，使其就范。因为如果要消灭儒学，就应在焚书时只烧儒家的经典，而不是“百家语”；在禁止民间收藏《诗》《书》的同时，也不应允许秘府收藏、博士掌握。而所谓的“坑儒”事件则是由方术士求仙药不成引起，坑杀的460余人不会全是儒生，而且其罪名是“为妖言以乱黔首”，并非针对儒家的思想主张。所以，明人焦在《焦氏笔乘》中谈到：“秦时未尝不用儒生与经学也。”康有为的《新学伪经考》也认为，如果以“坑儒”为尽坑儒生，乃“非其诚而又增之”，“以坑儒为绝儒术者，亦妄言也”。
当然，焚书坑儒既然是秦始皇执行法家集权政治的必然结果，那么儒家等各派的思想在一定程度上遭到禁锢是肯定的。作为新的空前统一的封建帝国的创造者，秦始皇没有经验可以借鉴，在统治思想方面他要利用各家各派中自认为合理的东西。司马谈《论六家要指》中说：“儒者博而寡要，劳而少功，是以其事难尽从。然其序君臣父子之礼，列夫妇长幼之别，不可易也。”这种看法再适宜于秦不过了。秦统治者对儒家的伦理思想特别器重。《吕氏春秋》是一部以儒家思想为主体的着作，这在其伦理主张方面表现尤为突出。吕不韦为秦相时，儒家思想占有重要地位。即使在吕不韦集团下台后，孔子的伦理思想，尤其是君臣、父子、夫妇之道，始终未废。孔子的忠、孝、节、义思想在秦代占据着统治地位。
不过，“焚”“坑”事件之后，许多学派的发展在一定程度上受到了限制，而儒家尤甚，他们失去了原来在政治舞台上的地位。《太平御览》卷八六引《异苑》曰：“始皇既坑儒焚典，乃发孔子墓，欲取诸经传。”孔子在当时的地位明显下降，儒生的境况也急转直下，他们不敢再公开传道授学。这种文化高压政策，激起了人们的极大怨愤。当陈胜起而反秦时，“鲁诸儒持孔氏之礼器往归之”，孔子的九世孙孔鲋甚至做了他的“博士”，儒生们加入到反秦的行列中。