吴姓的起源可以追溯到古代中国的两个主要脉络。第一个起源是姬姓，与周朝的吴国有关。周武王将仲雍的曾孙封在吴地（今天的江苏苏州一带），建立了吴国，其后代以国名为姓氏，即吴姓。
第二个起源则更为复杂，涉及上古时期的多个传说和历史人物。例如，舜的后代中有被封在虞的，由于“虞”和“吴”在古音中相近，因此舜的后代中有一部分姓吴。另外，在额顼帝时期有吴权，其后代也姓吴。少康帝时期的神箭手吴贺，其后代同样以吴为姓。
除了汉族，一些少数民族也有吴姓，这可能与汉族的融合有关。例如，锡伯族、柯尔克孜族、朝鲜族、赫哲族等都有吴姓的人。
古代吴国位于今天的江苏一带，是吴姓的发源地。吴国灭亡后，夫差的太子吴鸿被流放到江西，而其他后裔则在江苏、浙江、安徽、山东、河南等地繁衍。吴姓在这些地区迅速繁衍，成为江南的大姓。到了隋唐时期，吴姓已经广泛分布于大江南北。此后，吴姓逐渐迁徙至台湾、香港以及东亚、南亚等地。
吴姓历史上涌现出许多著名人物。例如，战国时期的著名军事家吴起，他与孙子并称为“孙吴”，所著的《吴子》在中国古代军事典籍中占有重要地位。秦末农民起义首领之一的吴广，与陈胜一起领导了秦末农民战争。唐代的画家吴道子被誉为“画圣”，擅长画佛道人物。明代的吴承恩所著的《西游记》更是家喻户晓。明末的吴三桂因引清军入关而直接导致明朝政权的灭亡。近代著名的吴姓人物包括历史学家吴晗，其《谈骨气》一文被收入中学教材。
在《百家姓》中，吴姓排在第六位，显示出其在古代中国社会的重要地位。